一組在同一主機中發現病毒。組中的病毒隨著時間的推移開發類似的基因突變。在愛滋病毒感染，愛滋病毒可能變異成多個准，可能會降低免疫系統控制愛滋病毒感染的能力。抗逆轉錄病毒治療 (ART） 在愛滋病毒感染的早期階段開始可以控制愛滋病毒的複製和核酸的發展。