一組在同一主機中發現病毒。組中的病毒隨著時間的推移制定類似基因突變。在愛滋病毒感染愛滋病毒可能變異成多個准種，這可能會降低免疫系統能力控制愛滋病毒感染。抗逆轉錄病毒療法 (ART) 在愛滋病毒感染的早期階段開始可以控制愛滋病毒的複製和准種發展。