1) เอนไซม์มีข้อจำกัดคือ เอนไซม์ห่างไกลจากแบคทีเรียที่ตัดดีเอ็นเอโมเลกุลที่เฉพาะลำดับ แยกเอนไซม์เหล่านี้มีความสำคัญกับการพัฒนาเทคโนโลยีของ recombinant DNA (rDNA) และพันธุวิศวกรรม

2) โปรตีนที่รู้จักเฉพาะ สั้นนิวคลีโอไทด์ลำดับ และตัดดีเอ็นเอที่ไซต์เหล่านั้น แบคทีเรียประกอบด้วย enzymes ดังกล่าวกว่า 400 ที่รู้จัก และตัดมากกว่า 100 ลำดับดีเอ็นเอที่แตกต่างกัน