1) เป็นลำดับของดีเอ็นเอที่รู้จัก ด้วย endonuclease (โปรตีนที่ตัดดีเอ็นเอ) เป็นเว็บไซต์ที่ดีเอ็นเอจะถูกตัด

2) A นิวคลีโอไทด์เฉพาะลำดับของดีเอ็นเอเอนไซม์จำกัดเฉพาะใช้ตัดการดีเอ็นเอ บางไซต์เกิดขึ้นบ่อยในดีเอ็นเอ (เช่น ทุก ๆ หลายร้อย base pairs); คนอื่นบ่อยมาก (ตัดยาก เช่น ทุก 10000 base pairs)