1) Kemikalijo, sestavljen iz dveh ali več atomov. Atomov v molekule lahko enaka (molekule kisika je dvema atomoma kisika) ali različnih (molekula vode ima dva atomov vodika in en kisikov atom). Bioloških molekul, kot so beljakovine in DNA lahko sestavljena iz več tisoč atomov.

2) Najmanjši delec snovi, ki ohranja vse lastnosti snovi in je sestavljena iz enega ali več atomov.