Területeken nagyobb sűrűségű dinukleotid sorozat citozin - foszfát diészter--guanin. DNS-több száz több ezer bázispár hosszú szakaszain alkotnak. Az emberek, vannak körülbelül 45.000 CpG-szigetek, többnyire gének 5' végén találhatók. Ők unmethylated, kivéve az olyan inaktív X-kromoszóma, és néhány kapcsolódó gének olvasható.