Une infection causée par plusieurs espèces du protozoaire parasite les microsporidies. Les microsporidies habituellement infecter le tractus gastro-intestinal, mais peut également infecter d'autres parties du corps, comme les yeux, le voies respiratoires ou cerveau. Les symptômes les plus courants de sont une diarrhée chronique et gaspiller, mais les symptômes varient grandement selon le site de l'infection. Microsporidiose survient principalement chez les personnes immunodéficientes, en particulier les personnes atteintes du VIH ou des personnes ayant subi une greffe d'organe.