Περιοχές αυξημένης πυκνότητας από το δινουκλεοτίδιο νικοτιναμιδίου αδενίνης ακολουθία κυτοσίνη--φωσφορικό diester--γουανίνη. Αποτελούν τμήματα του DNA αρκετές εκατοντάδες σε αρκετές χιλιάδες βάση ζεύγη μακρά. Στον άνθρωπο υπάρχουν περίπου 45.000 CpG νησιά, βρέθηκαν ως επί το πλείστον στα 5' άκρα των γονιδίων. Είναι unmethylated εκτός από αυτές που αφορούν το ανενεργό Χ χρωμόσωμα και ορισμένες σχετιζόμενες με αποτύπωναν γονίδια.