Endonucleases, η οποία αναγνωρίζει ειδικές ακολουθίες βάσης εντός ενός DNA helix, δημιουργώντας ένα διπλό-σκέλος διακοπή του DNA.

Σημείωση: τύπου I περιορισμός ένζυμα συνδέσετε σε αυτές τις τοποθεσίες αναγνώρισης αλλά στη συνέχεια αφαιρεί το DNA από διαφορετικές τοποθεσίες. Τύπου II περιοριστικά ένζυμα τόσο δεσμεύει και αποκοπή μέσα σε τοποθεσίες τους αναγνώριση ή στόχου.