Endonucleases, които признават специфични базовите секвенции в спирала на ДНК, създаване на двойно-нишка прекъсване на ДНК.

Бележка: ограничение ензими обвържете тези сайтове за признаване, но впоследствие изрязване ДНК в различни обекти от тип I. Тип II ограничение ензими обвързване и намаляване в рамките на тяхното признаване или целевите сайтове.