على منطقة محددة، ومتعددة الأشكال من الحمض النووي (أي العلامة) تقع داخل جين (أي، إينتراجينيك)، بدلاً من علامة ترافقه، التي تقع على جانبي الجينات. يتم استخدام علامات إينتراجينيك في تحليل الارتباط لتعقب يقدمها الجينات في السؤال.